甲期货交易所截至2009年第二季度末，已缴纳的期货投资者保障基金总额为50

根据2007年8月1日起施行的《期货投资者保障基金管理暂行办法》第9条规定，保障基金的后续资金来源于：①期货交易所按其向期货公司会员收取的交易手续费的3％缴纳；②期货公司从其收取的交易手续费中按照代理交易额的千万分之五至十的比例缴纳；③保障基金管理机构追偿或者接受的其他合法财产。由此，若不合代缴期货公司的保障基金后续资金，该期货交易所2009年第二季度应缴纳30万元保障基金后续资金。