RNA聚合酶II的启动子也包含若干序列元件，只是它们比聚合酶I和聚合酶III的启动子更加复杂多样。首先，在转录起始位点附近发现一个松散保守的（）序列（即（））。很多聚合酶II的启动子在起始位点上游约25个核苷酸处具有一个（）框。这种元件的共有序列是（），除了位置不同外，它与原核生物的（）元件很相似。它是第一个识别聚合酶II的因子（）的结合位点。
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